Основной задачей университета в области научной деятельности является развитие фундаментальных и прикладных научных исследований, направленных на наращивание инновационного и интеллектуального потенциалов региона и государства, их трансформация в современные знания и высокоэффективные технологии.
Научно-исследовательская деятельность в МГТУ осуществляется в соответствии с приоритетными направлениями развития науки в Российской Федерации в рамках 12 отраслей: биологические науки, исторические науки, педагогические науки, сельскохозяйственные науки, социологические науки, технические науки, философские науки, химические науки, экономические науки, филологические науки, юридические науки о жизни.
Реализация научных исследований в университете осуществляется традиционно сложившимися и состоявшимися на кафедрах научными школами, возглавляемыми учеными вуза известными не только в России, но и за рубежом. Источники финансирования научных исследований проводимых в университете достаточно разнообразны, это средства федерального бюджета и различных научных фондов, финансирование, осуществляемое региональными министерствами и ведомствами, хозяйствующими субъектами, а также использование собственных средств.
В настоящее время в рамках основных научных направлений выполняется 41 комплексная инициативная тема, прошедшая государственную регистрацию.
Инновационная инфраструктура университета представлена научно-исследовательским институтом регионального развития МГТУ, основными структурами подразделениями которого являются 5 научно-образовательных центров, 13 проблемных научно-исследовательских лабораторий, научно-производственная площадка, научно-техническая и опытно-экспериментальная база, бизнес-инкубатор, центр коллективного пользования научным оборудованием и 14 учебно-научных лабораторий.
В университете ежегодно издаются научные сборники и журналы из которых, 2 периодических научных журнала «Новые технологии» и «Вестник Майкопского государственного технологического университета» включенные в Перечень изданий ВАК, и один периодический научный журнал "Актуальные вопросы науки и образования" .
МГТУ интенсивно развивает международное научной сотрудничество, разрабатывая совместно с зарубежными партнерами дальнего и ближнего зарубежья программы и исследовательские проекты по приоритетным направлениям фундаментальной и прикладной науки. Так в рамках европейского проекта ТЕМПУС «Образование - основа устойчивого природопользования» совместно с Ганноверским университетом, Венским университетом агрокультуры, Институтом по природным чрезвычайным ситуациям и охраны лесов в Инсбурге (Австрия) проводились полевые исследования по инженерной биологии. В завершении проекта на базе инновационной площадки МГТУ разработаны новые научные дисциплины: «Инженерной биологии», «Ландшафтное проектирование с элементами инженерной биологии», для определения введенных научных терминов разработан «Словарь по инженерной биологии», изданы учебные и учебно-методические материалы. Финансирование проекта составило 500 тыс.евро. МГТУ по праву является основателем новой научной отрасли – инженерной биологии.
По проекту ученых экологического факультета «Изучение биоразнообразия старых черкесских садов» принято специальное постановление Кабинет Министров РА№ 198 от 27.05.96 г. «Об утверждении Программы сохранения и использования генетического фонда «старых черкесских садов» и дикоплодовых деревьев и кустарников на территории РА. С учетом уникальности имеющегося в регионе генофонда данные исследования имеют международное значение, а объект исследования внесен на ряду с природными объектами Западного Кавказа в список Всемирного природного наследия (под эгидой ЮНЕСКО). В университете налажены прочные деловые отношения с Берлинским техническим университетом, Берлинским институтом туризма, немецкой службой академических обменов DAAD. НарядусGlobal SourceNet Ltd. North Caucasus Region иFriends From Abroad Inc. МГТУ является учредителем российско-американского бизнес-центра.
МГТУ активно взаимодействует и с академической наукой, представленной в регионе Майкопской опытной станцией Всероссийского НИИ растениеводства им. Вавилова, Адыгейским научно-исследовательским институтом сельского хозяйства Российской академии сельскохозяйственных наук, Адыгейским филиалом государственного научного учреждения Всероссийского научно-исследовательского института цветоводства и субтропических культур Российской академии сельскохозяйственных наук, Кавказским государственным природным биосферным заповедником и многими другими. Ведущие ученые университета являются членами республиканских научных экспертных советов, специализированных советов РАН, Технологической платформы «Технологии пищевой и перерабатывающей промышленности АПК – продукты здорового питания», входят в состав Федеральных реестров при Министерстве образования и науки РФ.
Традиционно в университете проводятся международные и всероссийские научные конференции, в которых принимают участие студенты, аспиранты, представители российских вузов и вузов стран ближнего зарубежья, а также ученые из Германии, Великобритании, Австрии.
Ежегодно на выставках различных уровней вуз представляет достижения в области образовательных технологий, науки и творчества. В числе наиболее значимых: Международная туристская выставка «Intourmarket», МВЦ «Крокус Эксро» (г. Москва); Архитектурно строительная выставка (г. Краснодар); Выставка образовательных технологий и услуг, РАЕ (г. Москва); Выставка в рамках Фестиваля русской речи иностранных студентов вузов России (г. Воронеж).
Майкопский государственный технологический университет с 2013 года является площадкой Всероссийского Фестиваля науки NAUKA0+, благодаря чему Республика Адыгея появилась на карте Фестивального движения. Организаторами Фестиваля выступают министерство образования и науки Российской Федерации при поддержке Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова. На площадке вуз демонстрирует результаты разработок ученых и студентов по самому широкому спектру научных исследований – от исторической реконструкции старых черкесских садов, инновационных биоразлагаемых пленочных структур и этностиля в современной одежде до технологий производства функциональных продуктов питания, фитодизайна и методов безопасности при операциях с денежной наличностью.
В МГТУ большое внимание уделяется научному творчеству молодежи. Члены студенческого научного общества участвуют в открытых конкурсах на лучшую студенческую работу Министерства образования и науки РФ, во всероссийских и международных студенческих олимпиадах и научных мероприятиях (Всероссийские конкурсы «Моя страна – моя Россия» и «Моя законотворческая инициатива», Международная студенческая олимпиада «Предпринимательство и менеджмент», Всероссийский конкурс научно-исследовательских работ патриотической направленности среди учащихся и студенческой молодёжи «Юность. Наука. Культура», международные и всероссийские конкурсы дипломных работ).
В целях стимулирования научно-исследовательской деятельности студентов, вовлечения их в научный процесс, а также эффективной поддержки наиболее значимых проектов, в университете проводится конкурс на соискание грантов ректора университета. Научно-исследовательские работы студентов номинируются по четырем направлениям: технические науки, медицинские науки, гуманитарные науки, естественные науки.